ঢাকা শিশু হাসপাতালের একাডেমিক উইং হিসেবে বাংলাদেশ শিশু স্বাস্থ্য ইনস্টিটিউট আনুষ্ঠানিকভাবে ঢাকা শিশু হাসপাতালের প্রাঙ্গনে ৩০শে জানুয়ারি ১৯৮৩ এ যাত্রা শুরু করে। এই ইনস্টিটিউটটি  স্বাস্থ্য সেবা প্রথিষ্ঠানগুলোর মধ্যে দৃষ্টান্তমূলক উদাহরণ এবং এটি বাংলাদেশ সরকার, ঢাকা শিশু হাসপাতাল ট্রাস্ট, ও বিভিন্ন জাতীয় ও আন্তর্জাতিক সংস্থার কাছ থেকে দান গ্রহন করে প্রাথমিকভাবে খুব সীমিত সুবিধা নিয়ে শুরু করে। বর্তমানে এটি ঢাকা বিশ্ববিদ্যালয়, বঙ্গবন্ধু শেখ মুজিব মেডিকেল বিশ্ববিদ্যালয় (বিএসএমএমইউ) এবং বাংলাদেশ কলেজ অব ফিজিশিয়ানস অ্যান্ড সার্জনস (বিসিপিএস) এর সাথে যুক্ত রয়েছে। এই একাডেমিক ইনস্টিটিউটটি শিশূ চিকিৎসায় এর মধ্যে বিবিধ স্নাতকোত্তর এবং বিভিন্ন সার্টিফিকেট কোর্স পরিচালিত হচ্ছে। এটি নিওন্যাটোলজি, হেমেটো-অনকোলজি, পেডিয়েট্রিক নেফ্রোলজি এবং পেডিয়াট্রিক সার্জারিতে এমএস প্রভৃতির বিভিন্ন সাব স্পেসালিটি কোর্স পরিচালনা করে। ২০০৬ সাল থেকে এই ইনস্টিটিউটটে বেসিক সাবজেক্ট বিভাগ চালু হয়।