ইনস্টিটিউটের লক্ষ্যসমূহ নিম্নরূপঃ
১. পরবর্তী প্রজন্মের অনুষদ যারা শিশুরোগের চিকিৎসা ও গবেষণার মাধ্যমে জাতীয় ও আন্তর্জাতিক পর্যায়ে একটি চমৎকার কর্মজীবন গড়ে তুলবে তাদেরকে শিক্ষিত ও অনুপ্রানিত করা।
২. বাংলাদেশের শিশু মৃত্যু কমানোর ক্ষেত্রে এসডিজি অর্জন করা।
৩. ব্যপক গবেষণার মাধ্যমে শিশুরোগের ক্ষেত্রে কার্যকর নতুন চিকিৎসার উদ্ধাবন।